Protegerse contra los ataques de día cero es complicado. Sin embargo, existen varias medidas de seguridad que pueden minimizar las posibilidades de verse afectado, incluso en caso de ataque.
Si bien el software antivirus tradicional no detecta los zero day exploits debido a la firma desconocida del virus, las soluciones de seguridad basadas en el comportamiento pueden dar buenos resultados en estas situaciones. Los sistemas de detección y prevención de intrusos (IDS e IPS respectivamente) utilizan algoritmos y heurísticas para supervisar el movimiento de los datos y el acceso a la información de la empresa, emitiendo alertas o tomando medidas de protección automáticamente cuando se detectan anomalías.
El peligro por el uso indebido de los datos también se puede minimizar implementando sistemas de cifrado, autorización y controles.
En principio, como cada programa representa una puerta de entrada a un ataque de día cero, el número de aplicaciones instaladas en la empresa debe reducirse al mínimo necesario. Asimismo, siempre se debe ejecutar y utilizar la versión más actual del software, incluidas todas las actualizaciones de seguridad disponibles. Las aplicaciones que no se utilicen deben eliminarse de los dispositivos.
Aunque estas medidas no garantizan una seguridad total, sí que pueden reducir notablemente el riesgo de sufrir pérdidas económicas debido a un ataque de día cero.