Los objetivos de Anonymous varían y no están exactamente definidos. Al principio, por ejemplo, las acciones de protesta pretendían prohibir la Iglesia de la Cienciología (Church of Scientology), al igual que sus instituciones y prácticas. La acción de protesta se basó en ataques DoS dirigidos a las páginas web de la organización, bromas telefónicas y protestas públicas. Anonymus suele perjudicar al objetivo elegido de forma directa y utiliza las habilidades del colectivo no solo para robar, sino también para filtrar datos sensibles, una estrategia conocida como doxing.
La violación de derechos humanos, los dictadores y los censores, es decir, los objetivos más importantes, son nombrados por el mismo colectivo de hackers. Sin embargo, la estructura descentralizada de Anonymous no permite formular una línea moral o una ideología clara y, por esta razón, Anonymous ha tenido que distanciarse repetidamente de varias acciones de protesta en los últimos años que se llevaron a cabo en nombre del colectivo sin contar con la aprobación interna.