Si quieres tener un servidor seguro, las medidas anteriormente detalladas contra las adversidades externas desempeñan, sin duda, un papel muy importante. Asimismo, también es importante preocuparse por que la combinación entre hardware y software funcione de la manera deseada, y no solo tras el inicio del entorno del servidor, sino a largo plazo. Teniendo en cuenta el elevado número de procesos de sistema diferentes, esto resulta más fácil de decir que de hacer, por lo que es recomendable recurrir desde el principio a herramientas de ayuda que analicen procesos completos en tu servidor y alerten en caso de incidentes.
Un modesto programa y de rápida configuración es, por ejemplo, Monit, que se puede instalar fácilmente en muchas distribuciones de Linux por medio del sistema de gestión de paquetes. Tras el arranque, la aplicación open source (licencia AGPL de GNU) observa de manera facultativa procesos, archivos, clouds, hosts, programas o scripts, donde también entran en juego recursos del sistema como CPU, memoria o consumo del sistema. En el archivo de configuración de Monit se pueden definir valores o eventos que dan lugar a una notificación por correo electrónico, pero si se necesita más información se recomienda recurrir al software de monitorización Nagios. Este es algo más complejo, pero la versión principal es open source y puede implementarse con diversos plugins. Con ayuda de una máquina virtual también es posible utilizarlo en una plataforma Windows.