Utilizando JavaScript como lenguaje de programación, el framework MooTools está muy bien acompañado. Alternativas exitosas como, por ejemplo, AngularJs o Ember.js, demuestran que la demanda de los entornos de trabajo JavaScript es muy alta. Este lenguaje de programación es un estándar web indiscutible soportado por los principales navegadores y, además, resulta ideal para el desarrollo de componentes interactivos, formando parte del repertorio obligatorio de todo desarrollador web, incluso si, por defecto, este carece de un sistema de herencia de clases. MooTools elimina este problema y simplifica enormemente la programación de elementos recurrentes.
A primera vista, parece que este enfoque hacia un código fuente ejecutable en el lado cliente solo conlleve ventajas para el usuario, ya que los elementos de JavaScript prometen una gran interactividad y, a la vez, una muy buena velocidad de carga. Sin embargo, el hecho de que la tarea de compilación de código para aplicaciones MooTools tiene lugar, principalmente, en el panel de tareas del cliente, puede generar problemas e implicar riesgos. Como consecuencia, los recursos sufren una gran demanda, algo que, en el caso de clientes y dispositivos de bajo rendimiento, puede ocasionar una reducción del rendimiento o incluso la caída de la página web. Esto afecta en particular a dispositivos móviles como los smartphones (desde los que accede un significativo porcentaje de usuarios a Internet), los cuales también pueden, además, presentar complicaciones relacionadas con algunos de sus componentes específicos, tales como pantallas táctiles o pantallas relativamente pequeñas que no han sido probadas o correctamente optimizadas.
Debido a que la ejecución de código siempre lleva consigo el riesgo de ataques externos (tracking, phishing, etc.), los usuarios de proyectos web con una programación variada del lado del cliente correrán el mismo riesgo. Es por esto que una parte de los usuarios de Internet utiliza herramientas para bloquear diferentes scripts, entre ellos JavaScript, como NoScript o JS Blocker, a menos que los incluya manualmente en la lista blanca. Por lo tanto, es recomendable prestar especial atención a la seguridad de la aplicación MooTools para lograr la confianza necesaria y alcanzar a la mayor cantidad de usuarios con tu proyecto.