Windows Server 2019 aborda la seguridad de varias maneras. Por un lado, el nuevo sistema operativo para servidores accede a los servicios desde la nube: Windows Defender Advanced Threat Protection supervisa el servidor en busca de malware y detiene los procesos clasificados como peligrosos. Con el servicio en la nube, Microsoft también quiere combatir los ataques Zero-Day y los root kits. La conexión entre Azure y Windows Server 2019 también permite a los administradores usar las características de Azure AD para sus conceptos de seguridad.
Como funciones de protección adicionales, Microsoft utiliza máquinas virtuales blindadas (Shielded VM). Estas máquinas virtuales seguras permiten realizar las tareas más sensibles ahora también en los servidores Linux, que se pueden blindar de esta manera. Por último, también se ampliaron las posibilidades de encriptación: con la versión 2019 ahora es posible encriptar la transferencia de datos entre máquinas virtuales.