Crear heatmaps para analizar a los usuarios y su comportamiento permite obtener información valiosa sobre el diseño, la funcionalidad y la facilidad de uso de un proyecto web. Sin embargo, de la misma forma que la mayoría de análisis web, es necesario clasificar y evaluar los resultados en el contexto adecuado. Así, mientras que estos análisis permiten la obtención de impresiones altamente significativas como, por ejemplo, cuántas veces se ha hecho clic en un enlace, un mapa de calor no te dirá si después de hacer clic, el usuario realmente encontró lo que estaba buscando. De la misma forma, no será posible identificar las razones del clic (posición o visibilidad del elemento en la web, coincidencia).
Por esta razón, siempre se recomienda vincular el análisis de mapa de calor a otros datos, en particular, la tasa de rebote o el tiempo de permanencia en el sitio enlazado. Recuerda que la única manera de obtener información cien por cien fiable sobre si un elemento en particular tiene el efecto de usabilidad deseado es preguntando directamente a tus visitantes.
Otra de sus desventajas son las páginas web con poco tráfico: cuanto menor sea el tráfico, menor importancia tendrán los resultados del análisis del heatmap y mayor será la posibilidad de una mala interpretación, de manera similar, por ejemplo, al A/B Testing. Debido a que la apreciación y la manera en la que cada visitante utiliza tu web son diferentes, se necesita recoger una gran cantidad de datos durante largos períodos de tiempo con el fin de determinar y concluir una tendencia clara. Adicionalmente, la implementación de mapas de calor en proyectos web dinámicos también resulta problemática, pues sus contenidos cambian constantemente. Sin embargo, aunque puedes centrarte en el análisis de elementos de posicionamiento como la barra de navegación, analizar la influencia de un contenido cambiante es algo difícil de realizar.