Los honeypots se suelen utilizar como complementos para otros componentes de seguridad informática como el sistema de detección de intrusos (IDS, Intrusion Detection System) y los cortafuegos o firewalls y ofrece una función de control adicional. Una de las principales ventajas de estos sistemas es que se pueden obtener datos muy relevantes. Ya que los honeypots no se hacen cargo, en condiciones de funcionamiento normal, de ningún tipo de función, cada actividad que se lleve a cabo en estos sistemas de control se convierte en un posible ataque. Todos los datos registrados a través de los honeypots se convierten en elementos relevantes para la seguridad. Si, por el contrario, se supervisan sistemas productivos, el análisis de datos requiere una fase de trabajo en la que se filtren datos importantes para el ataque que procedan de la cantidad total de los mismos.
Hay que tener en cuenta que no todos los honeypots entregan información útil. Si el cebo no resulta muy atractivo o es difícil acceder a él, los ataques no podrán tener lugar y las inversiones tanto a nivel económico como personal para poner a disposición el sistema de seguridad se habrán realizado en vano.
El hecho de que las empresas paguen para obtener datos a través de los honeypots se convierte en un riesgo adicional. En lo que respecta a estos sistemas que sirven para engatusar a los hackers, existe el peligro de que cuando se produzca cualquier tipo de adversidad en el honeypot esto dé lugar a más daños en la red. La manera de disminuir este riesgo consiste en separar lo más posible a los honeypots de los sistemas productivos y en supervisar permanentemente todas las actividades que tienen lugar en los sistemas trampa. En este sentido, es importante exteriorizar la reducción de los daños. Para evitar que se abuse de los honeypots como puntos de partida para los ataques de los hackers a otros sistemas, se deben reducir las conexiones salientes al mínimo.
Si un honeypot de alta interacción del lado del cliente está equipado con el mismo sistema de seguridad que el sistema productivo, podrá emplearse como garantía de seguridad. En este caso, los datos registrados permiten obtener conclusiones sobre la eficacia del sistema de seguridad. Si se detecta un robo en el honeypot, será necesario comprobar si también se ha accedido al sistema productivo. Además, deben adaptarse ambos sistemas para descartar que en un futuro se produzcan ataques con el mismo patrón.