En un primer paso, el servidor SSH y el cliente se autentican mutuamente. El servidor envía un certificado al cliente para verificar que realmente es el servidor correcto. Solo en el primer contacto existe el peligro de que un tercero logre conectarse entre los dos participantes e intercepte la conexión. Dado que el propio certificado también está encriptado, no puede ser imitado. Una vez que el cliente sabe cuál es el certificado correcto, nadie más puede hacer contacto a través del servidor correspondiente.
Después de la autenticación del servidor, el cliente también debe demostrar ante el servidor que está autorizado para acceder a él. Esta información se almacena en el servidor. Como resultado, los usuarios deben introducir la contraseña cada vez que se conectan a otro servidor durante la misma sesión. Debido a esto, existe la posibilidad alternativa de autenticación del lado del cliente utilizando el conjunto de claves formado por la clave pública y la privada.
La clave privada se crea individualmente para tu propio ordenador con una contraseña que debe ser más larga que una al uso. La clave privada se almacena exclusivamente en tu ordenador y siempre permanece secreta. Si deseas establecer una conexión SSH, introduce primero la contraseña que abre el acceso a la clave privada.
En el servidor (así como en el propio cliente) también hay claves públicas. El servidor crea un problema criptográfico con su clave pública y lo envía al cliente. Este, a su vez, descifra el problema con su propia clave privada, devuelve la solución e informa al servidor de que está permitido establecer una conexión segura.
Durante una sesión, solo necesitas introducir la contraseña una vez para conectarte a cualquier número de servidores. Al final de la conexión, los usuarios cierran la sesión en sus equipos locales para asegurarse de que ningún tercero que tenga acceso físico al equipo local pueda conectarse al servidor.