Cada tabla InnoDB organiza los datos en el soporte de datos. Esto ralentiza un poco el acceso, pero mejora la seguridad, ya que cada tabla está optimizada con una clave primaria. Seleccionar datos es relativamente más rápido, pero añadirlos y actualizarlos es más lento. Por esto, InnoDB es un motor de almacenamiento para MySQL especialmente adecuado para grandes bases de datos, en particular, cuando muchos datos están entrelazados.
Como ya se ha mencionado, los datos de cada transacción en InnoDB están entrelazados. Al borrar algún dato, InnoDB elimina también automáticamente todos los datos referenciados. Esto hace mucho más fácil para el usuario mantener la integridad referencial de la base de datos. Sin embargo, la integridad referencial se debe definir de antemano, porque, de lo contrario, no se mantiene automáticamente. De la misma manera, se puede bloquear el acceso de escritura a los registros de datos.
La estructura tabular de InnoDB se guarda en archivos FRM, datos de uso e índices, en un espacio de tablas asociado a la base de datos que puede abarcar uno o más archivos. La integridad referencial también se aplica aquí: la configuración del espacio de tablas se puede distribuir en diferentes directorios, pero esto se debe establecer al principio del trabajo y no se puede cambiar. Trabajar con una tabla InnoDB es en este aspecto como trabajar con una partición en el disco duro, donde, si se realizan cambios posteriores, se pueden perder datos.