A diferencia de otros programas de monitoreo, Nagios no posee ningún mecanismo propio para comprobar el estado de los sistemas y de los servicios de red, sino que son las aplicaciones, es decir, los plugins para Nagios, los que desempeñan esta tarea. Sobre las extensiones, también denominados módulos, se puede decir que se trata de archivos ya compilados escritos en C o C++ o de scripts ejecutables (Perl, PHP, etc.), que contienen argumentos en las líneas de comandos que ponen en marcha el chequeo y transmiten los resultados al software encargado de la monitorización. Sin embargo, Nagios se hace cargo de llevarla a cabo por sí mismo cuando hay que controlar el estado del servicio o host en cuestión.
Como consecuencia, los plugins actúan como una capa de abstracción entrela lógica de la monitorización, que se puede visualizar en la interfaz de Nagios, y los propios servicios y hosts que serán monitorizados. La ventaja de esta arquitectura es que capacita a Nagios para supervisar todo aquello para lo cual se puede programar una revisión automática. No obstante, la herramienta de monitoreo no es capaz de entender cuáles son las características de los componentes de red que inspecciona ni cómo se llevan a cabo cada uno de los controles, lo que explica por qué Nagios no puede funcionar sin plugins.