Como consecuencia de las diferencias mencionadas anteriormente, la aplicación de estos protocolos también dependerá de las necesidades de cada usuario. Debido a que POP3 solo se limita a un cliente, y descarga la totalidad de los mensajes, el uso de este protocolo resulta muy útil cuando se accede a la cuenta de correo electrónico únicamente desde un ordenador local. Esto permite que no sea necesario establecer ningún tipo de conexión, incluso a Internet, para leer y editar los mensajes.
En caso de que el usuario quiera acceder a sus mensajes valiéndose de diferentes clientes, ya sea desde su smartphone o tablet, IMAP resultará siempre una mejor opción. Además, si el usuario utiliza dispositivos móviles para acceder a sus correos electrónicos, y solo desea leer algunos mensajes, IMAP permite descargar únicamente aquellos que necesite – dejando los mensajes de gran tamaño y archivos adjuntos para ser descargados en casa desde un ordenador personal. Hay que recordar que con IMAP siempre será necesaria una conexión a Internet para descargar los mensajes. La función “Recuperar” (que se encuentra en el menú Edición) permite al usuario estructurar y gestionar los mensajes en carpetas, identificar su estado y archivar aquellos que ya hayan sido enviados. Estas características, y el hecho de que los mensajes se almacenen en el servidor hasta que sean eliminados por el usuario, generan un uso significativamente mayor del protocolo IMAP sobre POP3.
Finalmente, la decisión entre IMAP o POP3 dependerá del uso previsto y los recursos disponibles por parte del usuario.