Este es uno de los aspectos más relevantes sobre las pymes que no está exento de confusión. Por el hecho de constituirse como empresas, sean de la naturaleza que sean, estas se ven obligadas a abonar ciertos impuestos, que son el IVA, el Impuesto de Sociedades, el IRPF y el Impuesto sobre actividades económicas (IAE):
IVA: este impuesto se grava por el simple hecho de desarrollar actividades en territorio español, con la particularidad de que las pymes ejercen como meras recaudadoras de un porcentaje en favor de Hacienda. Se declara de dos maneras: mediante una liquidación trimestral (modelo 303) donde se da cuenta del IVA repercutido y del soportado y una declaración anual (modelo 390), que sirve de resumen de todas las declaraciones del IVA de un ejercicio fiscal. Cabe mencionar aquí el IVA intracomunitario, que no es más que un impuesto equivalente al IVA pero que se aplica cuando se hacen transacciones y se establecen relaciones con otros países de la Unión Europea.
Impuesto de sociedades: es el que grava las rentas de las empresas y entidades con personalidad jurídica y con actividad en todo el territorio español. El tipo impositivo desde el 2 de enero de 2016 asciende a un 25 %, siendo este algo menor para entidades de nueva creación (15 %), para cooperativas (20 %), para las entidades sin fines lucrativos y de los incentivos fiscales al mecenazgo (10 %) y para las sociedades de inversión (1 %). Puede presentarse mediante los modelos 200 y 202.
IRPF: elimpuesto sobre la renta a las personas físicas es inherente a las pequeñas y medianas empresas. Las pymes situadas en territorio español, siempre y cuando sean personas físicas, están obligadas por ley a abonar dicho impuesto por haber obtenido un rendimiento con sus actividades económicas. Así, cuanto mayor sea el rendimiento obtenido, mayor es el IRPF que cada pyme tiene que abonar. Debe darse cuenta de este impuesto en la declaración de la renta, cuyo resultado puede ser negativo o positivo, en función de si se debe o no dinero a Hacienda.
IAE: el impuesto sobre actividades económicas afecta tanto a personas jurídicas como físicas que realizan actividades económicas en todo el territorio nacional y, asimismo, tienen “la consideración de obligados tributarios, en las leyes en que así se establezca, las herencias yacentes, comunidades de bienes y demás entidades que, carentes de personalidad jurídica, constituyan una unidad económica o un patrimonio separado susceptibles de imposición.” (Artículo 35.4 sobre obligados tributarios de la Ley 58/2003, de 17 de diciembre, General Tributaria). Su declaración se realiza mediante los modelos 840 y 848.
En términos de contabilidad, las pymes se atienen al Real Decreto 1515/2007, de 16 de noviembre, por el que se aprobó el Plan General de Contabilidad de Pequeñas y Medianas Empresas. Este tiene la misma estructura que el Plan General de Contabilidad, pero consiste en un documento que recoge un plan contable más ajustado a las necesidades de este tipo de empresas.