Es una carga fiscal indirecta, pues grava sobre el consumo y no sobre las ganancias de los contribuyentes. En su aplicación, los autónomos han de calcular la diferencia entre el IVA que ellos ya han pagado al adquirir determinados productos y servicios para el desarrollo de la actividad profesional o empresarial (IVA deducible) y el que pagan sus clientes por adquirir los bienes o servicios (IVA devengado). Si el resultado del cálculo es positivo, se abona la diferencia y si ocurre lo contrario se puede solicitar su devolución.
En España existen tres regímenes de tributación: general, especiales para empresarios individuales y régimen especial del criterio de caja. El régimen general, presentado trimestralmente, se aplica cuando ninguno de los otros es aplicable o se renuncia a ellos, y presenta un porcentaje del 21, del 10 o del 4 por ciento dependiendo de la actividad, producto o servicio sobre los que grava el impuesto, a menos que se encuentren exentos de este. En cuanto al régimen simplificado, se aplica a aquellos que opten por cotizar con estimación objetiva, siempre y cuando no hayan renunciado a esta forma. Por último, cabe nombrar el IVA de caja introducido en el sistema tributario español en el artículo 23 de la Ley 14/2013, de 27 de septiembre. Su aplicación puede resultar muy beneficiosa, pues presenta una serie de ventajas fiscales que permiten a los autónomos pagar el IVA solo cuando hayan cobrado las facturas, siendo la fecha límite el 31 de diciembre del año inmediatamente posterior al que se efectúan las operaciones. Aunque es opcional, no todos los autónomos tienen la oportunidad de acogerse a este régimen impositivo, pues se limita aquellos que no han facturado más de 2 millones de euros en el año anterior.