La liquidación del impuesto del IVA a la importación, que tramita un agente de aduanas, tiene lugar en el mismo momento en el que se produce la liquidación de los derechos arancelarios. El DUA (siglas de Documento único administrativo), emitido por el agente de aduanas ante las autoridades aduaneras, incluye información acerca del producto importado (el valor de los bienes, su lugar de origen, destinatario, destino, precio, peso, etc.) y se utiliza para determinar el IVA. Dicho IVA aparece detallado junto a los impuestos de aduana en el modelo 031 de la Agencia Tributaria, donde además también se indican los plazos para saldarlo.
Para recuperar el IVA soportado, las empresas deberán esperar hasta que finalice el año natural, a menos que estén inscritas en el registro de exportadores y otros operadores económicos, en cuyo caso podrán obtener la devolución del IVA correspondiente de forma mensual. Además, existe otra alternativa para no tener que esperar hasta diciembre; se puede optar por realizar la liquidación mensual del IVA. Para hacerlo, los empresarios deben solicitarlo en la declaración censal con el modelo 036 en el mes de noviembre anterior al año en el que se quiera aplicar o cuando se inicia la actividad.