Pero antes de poder aplicar el porcentaje correspondiente, todavía es posible realizar unas reducciones a la base imponible, por ejemplo, con las reservas de capitalización,y compensar la base imponible negativa de ejercicios anteriores si se da el caso.Así, si la empresa en cuestión tuvo pérdidas en años previos, pueden ir subsanándose en años posteriores. Una vez realizados estos cálculos, se obtiene finalmente la base imponible.
Es ahora cuando se calcula la cuota íntegra, aplicando el tipo impositivo que corresponde a la base imponible. Sin embargo, todavía quedan por minorar una serie de deducciones y bonificaciones, así como retenciones y pagos a cuenta (hay que tener en cuenta que, si se ha procedido a los pagos trimestrales del tributo, este también tendrá que restarse a la cantidad total a pagar). Todo ello da como resultado la cuota diferencial. Además, puede darse el caso de que el contribuyente tenga que abonar intereses por demora o un incremento por pérdida de beneficios fiscales. Realizado este paso se obtiene finalmente la cuota líquida a ingresar o devolver, es decir, el cómputo que transferir (siempre que sea positivo) a la Agencia Tributaria en el modo y periodo establecidos.
No obstante, debido a la complejidad de los citados cálculos y a la necesidad de que sean veraces y se ajusten realmente a la situación de cada empresa, esta tarea suelen desempeñarla profesionales del sector.